Las misiones ninjas son algo elemental para el mantenimiento de una aldea. Una aldea ninja puede enviar una misión a otra aldea y cuando estas misiones son cumplidas la aldea recibe un pago con la cual se mantiene la aldea. Estas misiones son clasificadas según su dificultad, las misiones están clasificadas de la siguiente forma:
• Rango S: Son misiones exclusivamente dedicadas al asesinato o captura de ninjas que aparecen clasificados en el Libro Bingo (una especie de registro judicial en la serie) como criminales de alta peligrosidad por su destreza técnica y su afán de maldad; por ende, personajes como Orochimaru, Zabuza o Itachi Uchiha aparecen en esta clasificación, cuyo cumplimiento se le encargan a Jounins con las técnicas más poderosas o, incluso, al propio Kage.
• Rango A: No hay un concepto claro sobre que misiones puedan entrar en ese rango; de hecho, muchas misiones que podrían estar en este aparte pueden ser también de Rango B. No obstante lo anterior, una posible diferencia entre el Rango B y el Rango A sería el valor del objeto a robar de otro país o la capacidad de los Jounin o del Kage para la misión. Es posible, también, que acá entren misiones que requieren la suficiente discreción para no enemistar y llevar a la guerra a países involucrados.
• Rango B: Se pueden considerar como las misiones típicas de un Ninja: Espionaje, Confusión, Recolección de Información, Asesinatos Silentes... también se encuentran en este rango misiones en donde los Shinobis hacen las veces de soldados en una fuerza armada. Solo las pueden hacer los Jōunin y los Chuunin, o superiores.
• Rango C: Son misiones fáciles con un cierto grado de complejidad que, en casos extremos, puedan llevar al uso de técnicas ninja. Acá se clasifican, generalmente, misiones básicas que implican la salida de ninjas de su aldea oculta (en principio, ningún shinobi puede abandonar su aldea oculta sin autorización o justificación), tales como la protección de una persona u objeto cuando viajan de una aldea o un país a otro, contra bandidos o forajidos sin mucha importancia; o la captura de un criminal reputado. Si bien son misiones para los Chuunins o para Jounins recién ascendidos; Genins con mucha experiencia suelen ser aptos y escogidos para realizarlas.
• Rango D: Son misiones extremadamente fáciles, generalmente relacionadas con labores cotidianas o comunitarias como cortar el césped, colaborar con los oficios de granjas o fincas, pasear o recuperar mascotas, entre otros, (y por ende, muy poco relacionadas con el arte ninja o el uso de técnicas ninja) Son exclusivas de los Genins, sobre todo si son recién graduados de la Academia Ninja; aunque, de acuerdo a la disponibilidad de personal, Shinobis de rangos superiores pueden hacerlas.
